History of IMA_file (No. 4)
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- 1 (2016-07-01 (Fri) 01:01:25)
- 2 (2016-07-01 (Fri) 03:57:11)
- 3 (2016-07-08 (Fri) 06:43:43)
- 4 (2016-07-11 (Mon) 08:50:01)
Dicom file†
dicom is widely used file format in medical world but it has complicated structure and some limitation. We prefer not to use the format mainly. So the first thing to do is doing conversion to sdt/spr file format(float type). There is no reason to stick with integer data format. We had better convert the data into real(float/double) format as soon as possible and never change it back to integer without special reasons.
12-bit or 16-bit†
The Siemens default setting for the pixel data is 12-bit integer format. The data is from 0 to 4095. We intensionally switch to 16-bit mode. Then the data range becomes 0 ~ 65535.
You can check your dicom data with dgs command.
>dgs 0001_00.dcm<RET> ... ... dicombit = 12 bitmax = 3053 (74 %) ...
Here the dicombit indicates the data bit setting(12 or 16) and bitmax indicates the maximum data value in the dicom file. The percentage indicates the used dynamic range for the data. 3053/4095=~0.74 If the percentage is too much small, you should change the calculation factor for your scan card at Siemens host computer.
info†
e.g.) info = p3 M/NORM/DIS2D
| FLAGS | MEANING | COMMENT |
|---|---|---|
| p[N] | GRAPPA reconstruction | Acceleration factor = N |
| P[N] | Sense reconstruction | Acceleration factor = N |
| m | Magnitude data | |
| NORM | reference scan intensity normalization | |
| ND | No distortion correction | |
| DIS2D | Distortion correction in 2D | |
| DIS3D | Distortion correction in 3D | |
Dumped dicom header with the dcmhd command†
File sample A(MPRAGE)†
File size : 271166 bytes PREFIX: DICM 0001 0002:0000 UL [4]-> <178> 0002 0002:0001 OB [2]-> <> 0003 0002:0002 UI [26]-> <1.2.840.10008.5.1.4.1.1.4> 0004 0002:0003 UI [52]-> <1.3.12.2.1107.5.2.43.66043.2015033016485781225545769> 0005 0002:0010 UI [20]-> <1.2.840.10008.1.2.1> 0006 0002:0012 UI [18]-> <1.3.12.2.1107.5.2> 0007 0002:0013 SH [8]-> <MR_VD13D> 0008 0008:0005 CS [10]-> <ISO_IR 100> 0009 0008:0008 CS [26]-> <ORIGINAL\PRIMARY\M\ND\NORM> 0010 0008:0012 DA [8]-> <20150330> 0011 0008:0013 TM [14]-> <164859.261000 > 0012 0008:0016 UI [26]-> <1.2.840.10008.5.1.4.1.1.4> 0013 0008:0018 UI [52]-> <1.3.12.2.1107.5.2.43.66043.2015033016485781225545769> 0014 0008:0020 DA [8]-> <20150330> 0015 0008:0021 DA [8]-> <20150330> 0016 0008:0022 DA [8]-> <20150330> 0017 0008:0023 DA [8]-> <20150330> 0018 0008:0030 TM [14]-> <163926.256000 > 0019 0008:0031 TM [14]-> <164859.020000 > 0020 0008:0032 TM [14]-> <164520.957500 > 0021 0008:0033 TM [14]-> <164859.261000 > 0022 0008:0050 SH [0]-> <> 0023 0008:0060 CS [2]-> <MR> 0024 0008:0070 LO [8]-> <SIEMENS > 0025 0008:0080 LO [6]-> <RIKEN > 0026 0008:0081 ST [44]-> <Hirosawa 2-1,/Wako-shi/,Saitama,JP,351-0198 > 0027 0008:0090 PN [0]-> <> 0028 0008:1010 SH [8]-> <AWP66043> 0029 0008:1030 LO [10]-> <head^MDDW > 0030 0008:103E LO [18]-> <t1_mprage_sag_64ch> 0031 0008:1040 LO [10]-> <Kitakanto > 0032 0008:1050 PN [0]-> <> 0033 0008:1090 LO [6]-> <Prisma> 0034 0008:1140 SQ ---SQ start--- 0035 0008:1150 UI [26]-> <1.2.840.10008.5.1.4.1.1.4> 0036 0008:1155 UI [52]-> <1.3.12.2.1107.5.2.43.66043.2015033016401693563544104> 0038 0008:1150 UI [26]-> <1.2.840.10008.5.1.4.1.1.4> 0039 0008:1155 UI [52]-> <1.3.12.2.1107.5.2.43.66043.2015033016401292081644101> 0041 0008:1150 UI [26]-> <1.2.840.10008.5.1.4.1.1.4> 0042 0008:1155 UI [52]-> <1.3.12.2.1107.5.2.43.66043.2015033016400892870444098> 0043 0010:0010 PN [12]-> <Ueno^Kenichi> 0044 0010:0020 LO [12]-> <990707M2901 > 0045 0010:0030 DA [8]-> <19690928> 0046 0010:0040 CS [2]-> <M > 0047 0010:1010 AS [4]-> <045Y> 0048 0010:1020 DS [4]-> <1.79> 0049 0010:1030 DS [2]-> <65> 0050 0018:0015 CS [4]-> <HEAD> 0051 0018:0020 CS [6]-> <GR\IR > 0052 0018:0021 CS [8]-> <SK\SP\MP> 0053 0018:0022 CS [6]-> <IR\PFP> 0054 0018:0023 CS [2]-> <3D> 0055 0018:0024 SH [12]-> <*tfl3d1_16ns> 0056 0018:0025 CS [2]-> <N > 0057 0018:0050 DS [16]-> <0.90000003576279> 0058 0018:0080 DS [4]-> <1700> 0059 0018:0081 DS [4]-> <2.32> 0060 0018:0082 DS [4]-> <900 > 0061 0018:0083 DS [2]-> <1 > 0062 0018:0084 DS [10]-> <123.250497> 0063 0018:0085 SH [2]-> <1H> 0064 0018:0086 IS [2]-> <1 > 0065 0018:0087 DS [2]-> <3 > 0066 0018:0089 IS [4]-> <223 > 0067 0018:0091 IS [2]-> <1 > 0068 0018:0093 DS [4]-> <100 > 0069 0018:0094 DS [4]-> <100 > 0070 0018:0095 DS [4]-> <200 > 0071 0018:1000 LO [6]-> <66043 > 0072 0018:1020 LO [14]-> <syngo MR D13D > 0073 0018:1030 LO [18]-> <t1_mprage_sag_64ch> 0074 0018:1200 DA [18]-> <20090304\20090304 > 0075 0018:1201 TM [28]-> <123723.000000\123723.000000 > 0076 0018:1251 SH [4]-> <Body> 0077 0018:1310 US [8]-> <0\256\256\0> 0078 0018:1312 CS [4]-> <ROW > 0079 0018:1314 DS [2]-> <8 > 0080 0018:1315 CS [2]-> <N > 0081 0018:1316 DS [16]-> <0.07304480013427> 0082 0018:1318 DS [2]-> <0 > 0083 0018:5100 CS [4]-> <HFS > 0084 0019:0010 LO [18]-> <SIEMENS MR HEADER > 0085 0019:1008 CS [12]-> <IMAGE NUM 4 > 0086 0019:1009 LO [4]-> <1.0 > 0087 0019:100B DS [6]-> <214075> 0088 0019:100F SH [6]-> <Normal> 0089 0019:1011 SH [2]-> <No> 0090 0019:1012 SL [12]-> <0\0\-1250> 0091 0019:1013 SL [12]-> <0\0\-1250> 0092 0019:1014 IS [6]-> <0\0\0 > 0093 0019:1015 FD [24]-> <-1.125000e+01\-1.289225e+02\1.156053e+02> 0094 0019:1017 DS [2]-> <1 > 0095 0019:1018 IS [4]-> <9800> 0096 0020:000D UI [56]-> <1.3.12.2.1107.5.2.43.66043.30000015033002564846900000010> 0097 0020:000E UI [58]-> <1.3.12.2.1107.5.2.43.66043.2015033016451954589245320.0.0.0> 0098 0020:0010 SH [2]-> <1 > 0099 0020:0011 IS [2]-> <3 > 0100 0020:0012 IS [2]-> <1 > 0101 0020:0013 IS [4]-> <100 > 0102 0020:0032 DS [50]-> <-11.250000340598\-128.92251777649\115.60532689095 > 0103 0020:0037 DS [12]-> <0\1\0\0\0\-1> 0104 0020:0052 UI [52]-> <1.3.12.2.1107.5.2.43.66043.1.20150330163926361.0.0.0> 0105 0020:1040 LO [0]-> <> 0106 0020:1041 DS [16]-> <-11.250000340598> 0107 0028:0002 US [2]-> <1> 0108 0028:0004 CS [12]-> <MONOCHROME2 > 0109 0028:0010 US [2]-> <256> 0110 0028:0011 US [2]-> <256> 0111 0028:0030 DS [20]-> <0.8984375\0.8984375 > 0112 0028:0100 US [2]-> <16> 0113 0028:0101 US [2]-> <12> 0114 0028:0102 US [2]-> <11> 0115 0028:0103 US [2]-> <0> 0116 0028:0106 US [2]-> <0> 0117 0028:0107 US [2]-> <621> 0118 0028:1050 DS [4]-> <211 > 0119 0028:1051 DS [4]-> <515 > 0120 0028:1055 LO [6]-> <Algo1 > 0121 0029:0010 LO [18]-> <SIEMENS CSA HEADER> 0122 0029:0011 LO [22]-> <SIEMENS MEDCOM HEADER2> 0123 0029:1008 CS [12]-> <IMAGE NUM 4 > 0124 0029:1009 LO [8]-> <20150330> 0125 0029:1010 OB [11104]-> <<DATA>> 0126 0029:1018 CS [2]-> <MR> 0127 0029:1019 LO [8]-> <20150330> 0128 0029:1020 OB [125968]-> <<DATA>> 0129 0029:1160 LO [4]-> <com > 0130 0032:1060 LO [10]-> <head MDDW > 0131 0040:0244 DA [8]-> <20150330> 0132 0040:0245 TM [14]-> <163926.307000 > 0133 0040:0253 SH [16]-> <MR20150330163926> 0134 0040:0254 LO [10]-> <head^MDDW > 0135 0040:0280 ST [0]-> <> 0136 0051:0010 LO [18]-> <SIEMENS MR HEADER > 0137 0051:1008 CS [12]-> <IMAGE NUM 4 > 0138 0051:1009 LO [4]-> <1.0 > 0139 0051:100A LO [8]-> <TA 03:34> 0140 0051:100B LO [8]-> <256p*256> 0141 0051:100C LO [12]-> <FoV 230*230 > 0142 0051:100D SH [8]-> <SP R11.3> 0143 0051:100E LO [4]-> <Sag > 0144 0051:100F LO [10]-> <HC1-7;NC1 > 0145 0051:1011 LO [2]-> <p2> 0146 0051:1012 SH [4]-> <TP 0> 0147 0051:1013 SH [4]-> <+LPH> 0148 0051:1016 LO [12]-> <p2 M/ND/NORM> 0149 0051:1017 SH [6]-> <SL 0.9> 0150 0051:1019 LO [10]-> <A1/IR/PFP > 0151 7FE0:0010 OW [131072]-> <<DATA>>
Corresponding summary(dgs output)
Descript = head^MDDW operator = system = SIEMENS Prisma MR_VD13D subjID = 990707M2901 seqfil = *tfl3d1_16ns description = t1_mprage_sag_64ch GradientMode = Normal Freq = 123.250497 MHz BW = 200 Hz TR = 1700 ms TE = 2.32 ms FA = 8 deg thk = 0.90000003576279 (gap = 0) mm nv = 223 etl = 1 nt = 1 sar = 0.07304480013427 W/kg %sampling = 100 %pe = 100 image pos = -11.250000340598,-128.92251777649,115.60532689095 image ori = 0,1,0,0,0,-1 TA = 03:34 coilstr = HC1-7,NC1 (58) acquisition_time = 20150330T164520.957500 acquisition_Number = 1 dwelltime = 9800 table_pos = 0,0,-1250 dim = 256 x 256 x x ? FOV = 230 x 230 mm dicombit = 12 bitmax = 621 (15 %) info = p2 M/ND/NORM
File sample B(EPI)†
File size : 793818 bytes PREFIX: DICM 0001 0002:0000 UL [4]-> <178> 0002 0002:0001 OB [2]-> <> 0003 0002:0002 UI [26]-> <1.2.840.10008.5.1.4.1.1.4> 0004 0002:0003 UI [52]-> <1.3.12.2.1107.5.2.43.66043.2015033017030292079151348> 0005 0002:0010 UI [20]-> <1.2.840.10008.1.2.1> 0006 0002:0012 UI [18]-> <1.3.12.2.1107.5.2> 0007 0002:0013 SH [8]-> <MR_VD13D> 0008 0008:0005 CS [10]-> <ISO_IR 100> 0009 0008:0008 CS [34]-> <ORIGINAL\PRIMARY\M\ND\NORM\MOSAIC > 0010 0008:0012 DA [8]-> <20150330> 0011 0008:0013 TM [14]-> <170339.056000 > 0012 0008:0016 UI [26]-> <1.2.840.10008.5.1.4.1.1.4> 0013 0008:0018 UI [52]-> <1.3.12.2.1107.5.2.43.66043.2015033017030292079151348> 0014 0008:0020 DA [8]-> <20150330> 0015 0008:0021 DA [8]-> <20150330> 0016 0008:0022 DA [8]-> <20150330> 0017 0008:0023 DA [8]-> <20150330> 0018 0008:0030 TM [14]-> <163926.256000 > 0019 0008:0031 TM [14]-> <170339.020000 > 0020 0008:0032 TM [14]-> <170300.330000 > 0021 0008:0033 TM [14]-> <170339.056000 > 0022 0008:0050 SH [0]-> <> 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Corresponding summary(dgs output)
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